Callisto Protocol Japonya'da yasaklandı. Oyunun yapımcısı Striking Distance Studios ile Japonya'nın derecelendirme kuruluşu (CERO) arasındaki anlaşmazlık, oyunun Japonya'da tamamen iptal edilmesine yol açtı. Bu anlaşmazlığın sebebinin, oyunun aşırı derecede vahşet içermesi olduğu belirtildi. Japonya'nın oyunlarda şiddet konusunda epey tutucu olduğu biliniyor. Yapım süreci tamamlanan Callisto Protocol ilk yasaklanma haberini Japonya'dan almış oldu.
The Callisto Protocol'ün resmi Twitter hesabından Japonca yayınlanan açıklama (İngilizce'den Türkçe'ye) şöyle çevirilebilir:
"The Callisto Protocol'ün Japonya versiyonu iptal edildi. Oyun, bu aşamada Japonya'nın CERO derecelendirme kriterlerini aşamıyor. Oyunun içeriğini değiştirmemiz durumunda oyuncuların beklediği deneyimi sunmamız mümkün olmayacaktı."
Oyuna ön sipariş veren Japon oyunculara para iadesi yapılacak. Japon oyuncular, oyunu bu aşamada ancak başka ülkelerden edinerek oynayabilir. Bu yılın en çok beklenen oyunlarından The Callisto Protocol 2 Aralık'ta Playstation, Xbox ve PC'ye çıkacak. Oyunun çıkış tarihinin stüdyodaki çalışanlara ekstra yük bindirdiği, haftada 6 hatta 7 gün çalıştıkları, Eylül ayında gündeme gelmiş, oyunun yönetmeni Glen Schofield bu durumu öven tweetlerinden dolayı özür dilemişti.