Casusluğu konu alan macera ve aksiyon oyunlarının PC ve konsollardaki gelmiş geçmiş en başarılı temsilcisi olan Metal Gear Solid serilerinin baş tasarımcısı ve yaratıcısı olan Hideo Kojima, MGS 2: Sons of Liberty’nin Kore, Avrupa ve Japonya versiyonlarını tamamladıktan hemen sonra MGS 2: Substance’ın yapımına başladı. Substance isminin kaynağı proje başkanı Hideo Kojima’nın 70’li yılların sonunda popüler olan İngiliz müzik grubu Joy Division’ın bir albümüne dayansa da oyuna Substance ismi verilmesinin esas sebebi olarak MGS 2:Substance’ın aslında Metal Gear Solid 2’nin baştan beri hep olması gerektiği oyun olması gösteriliyor.
Substance’ın PC kullanıcıları açısından en çok dikkat çeken özelliği PC platformuna taşınan tek Metal Gear Solid 2 oyunu olması. İlk nesil Metal Gear Solid oyunlarından ikincisi olan MGS: Integral’ın, bu serinin PC piyasasına sunulmuş tek temsilcisi olması gibi Substance da MGS 2 serisinin PC’lerdeki yegane temsilcisi olacak. Metal Gear Solid 2 oyunlarından birincisi, Sons of Liberty, ise PC kullanıcılarının hiçbir zaman bilgisayarlarında göremeyecekleri bir yapım olarak kalmaya mahkum. Tıpkı Integral’in sadece Metal Gear Solid olarak adlandırılan ilk oyuna getirdiği yenilikler gibi, Substance, Hideo Kojima’nın Sons of Liberty’i esas yapıyı değiştirmeden ileri bir noktaya taşımayı amaçlayan bir yenileme ve geliştirme çalışması olduğundan PC kullanıcıları, Sons of Liberty’nin eksikliğini iç çekerek hatırlamayacaklar.
Substance ile gelen yeniliklerin en büyüğü PC kullanıcılarının da Integral’dan hatırlayacakları sanal gerçeklik görevleri. Ana hikayeden tamamen bağımsız olan bu görevler, senaryo boyunca sürekli baş vurmanız gereken saklanma, saldırı ve savunma yeteneklerinizi ne kadar iyi kullanabildiğinizi ölçmek ve bu yeteneklerinizi geliştirmek amacıyla oradalar. Metal Gear Solid 2 oyunlarının getirdiği yenilenmiş grafiklerle bezenen ortamlarda geçen bu sanal görevlerin sayısının PC versiyonunda da konsol versiyonlarıyla benzerlik göstererek yaklaşık 350 kadar olacağı söyleniyor.
Raiden ve Snake ile oynanabilecek olan bu görevlerde ilerleyip belirli sayıda aşamayı geçtikçe Ninja gibi değişik karakterle de oynama imkanı bulunacak. Diğer kahramanların sanal görevlerde kullanamadığı kılıç da Ninja karakterinin seçilebilir duruma geçmesi ile birlikte kullanılabilir duruma gelecek. Raiden ve Snake için hafif farklılıklar gösteren sanal görevler, Ninja’nın yeteneklerine uygun olarak yine bazı ufak tefek modifikasyonlar ile yer alacaklar. Sneaking Mode (Gizli hareket modu), Weapon Mode (Silah modu), First Person View Mode ( Birinci şahıs görüş modu ) ve Variety ( Karışık ) olarak dört ana dala ayrılan sanal görevler oyunda başarılı olmanızı gerektiren her konuda sizi ayrı olarak zorlayacaklar, bunun tek istisnası ise değişik niteliklere sahip görevleri içeren Variety. Bütün sanal görevlerin ortak noktası ise hangi dalı seçerseniz seçin bir sonraki bölümde daha çok zorlanacak olmanız.