Karanlıklarda kaybolmuş bir çocuk, yanlızlık ve üzüntü ile sarılı bir genç kız;
Beraber kurtulmanın yolunu bulmalılar. Fakat bulundukları yer bir sürü giz ve tehlike ile dolu. Karşılaştıkları her merdiven, aralanan her kapı ve uzayıp giden sütunlar... Hepsi birden büyük bir bulmacanın parçası. Bulundukları tapınakta her ışık yeni bir sırrı aydınlatıyor. Burası karanlık ve tehlikeli. Fakat onlar yeniden özgür olacaklarına ve karanlıktan kurtulacaklarına inanmışlar...
ICO, anormal olarak boynuzlu bir biçimde doğmuş olan ve kendisini saran kötülük dalgasıyla mücadele etmeye çalışan bir çocuğun hikayesi. Bu kötülük dalgası ayrıca çocuğun köyünü de etkilemektedir ve ne zaman çocuk 12 yaşına gelir, köylüler o zaman artık daha fazla kötülüğün başlarına gelmemesi için çocuğun varlığını silme kararı alırlar.
Ico ıssız bir uçurumun kenarında bulunan bir tapınağa getirilir. Burada hem açlıktan, hem de donarak ölmesi için kalıntıların içerisinde taş bir tabuta bırakılır ve terk edilir. Böylece onun yarattığı lanet köyden kalkacaktır. Çocuğun bırakıldığı yer kesinlikle hayat formları içermemektedir ve eğer içeriyorsa da bu şeylerin eski çağlardan kalma ruhlar olduğuna inanılmaktadır. Eğer çocuk açlıktan veya donarak ölmezse bile o zaman kesin oradaki ruhlar tarafından korkutularak öldürüleceği de ikinci bir ihtimal olarak düşünülmüştür.
Ico şansının da yardımıyla kapalı kaldığı taş tabuttan kurtulmayı becerir ve ortalıkta umutsuzca gezinmeye başlar. Ico sonradan anlarki burada yalnız değildir, yükesekçe bir yerde asılı ve kapalı bir kafeste kendisine ruhani bir kız(Yorda) görünür. Hemencecik kızı bulunduğu kafesten kurtarır. Sonradan anlarki bu kız bir ruh ya da hayalet değil, gerçek bir insandır ve kızın şu anda Ico'ya ihtiyacı olduğu gibi Ico'nun da onun yardımına ihtiyacı vardır.
Böylece oyundaki maceramız başlar ve Ico'yu yöneterek bayan arkadaşımız Yorda'nın da yardımlarıyla amacımız çıkış yolunu bulmaktır. Ayrıca bu Yorda için de onu oraya hapseden şeytani annesinden kurtuluş demek olacaktır. Böylece iyi bir arkadaşlık ve yardımlaşma ile kurtulş mücadelesi başlar. Yorda şeytani güçler tarafından güçsüz hale getirilmiştir fakat karanlığı iyi aydınlatabilen bir güce da hala sahiptir. Bu şekilde Yorda'nın güçsüz olduğu yerlerde biz güçlü olabilecek, bizim ışığa ihtiyacımız olduğu zamanlarda da Yorda yardımımıza gelebilecektir. Bu yardımlaşma ile ikisi de kendilerini saran bu kabustan kurtulabileceklerdir.
Ico ve Yorda'nın hikayesi
Hikayeden de anlayabileceğiniz gibi Ico ve Yorda'nın bulundukları bu yerden kurtulabilmeleri için birbirlerine ihtiyaçları var. Yani Ico'nun yetersiz kaldığı yerde Yorda, Yorda'nın yetersiz kaldığı yerde ise Ico devreye giriyor. Siz oyun boyunca sadece Ico'yu kontrol edebiliyorsunuz, fakat Yorda'da sürekli olarak yanınızda. Oyunda eğer Yorda'nın sizden uzakta kaldığını hissederseniz ya da onu yanınıza çağırmak isterseniz Ico'nun Yorda yı çağırabilme gibi bir özelliği de bulunuyor.
Ico oldukça atletik bir yapıya sahip; koşuyor, yüzüyor, taşları itiyor, zincirlere tırmanıyor vs. yani tapınaktan çıkış yolunu bulmak Ico'nun elinde. Yorda ise bir takım doğa üstü güçleriyle, karşılaşacakları ve Ico'nun üstesinden gelemeyeceği bazı engelleri aşmalarında rol oynuyor. Bu şekilde de çeşitli puzzle'ları çözerek ilerlemeye çalışıyorsunuz. Karşılaşacağınız bulmacalar böyle şifreli kapılar falan filan değil... Mesela yola devam edebilmeniz için yüksek bir yere ulaşmanız gerekiyor, Ico bunu kolaylıkla başarabiliyor belki, fakat Yorda bu konuda onun kadar yetenekli değil. Bu tip durumlarda bazen Ico'nun uzanıp elini Yorda'ya uzatması ve onu yukarıya çekmesi yetebiliyor. Fakat her zaman işler bu kadar kolay da olmuyor. Bazen Ico'nun etrafındaki nesne ve düzenekleri kullanması gerekebiliyor ya da Yorda'yı belli bir süreliğine yalnız bırakıp başka çözüm yolları araması gerekebiliyor.
